Tafsir Al-Jawahir ini menggunakan bentuk bi al‐raʹyi. Karena dalam menafsirkan suatu ayat, Thanthawi murni menggunakan pemikirannya sesuai dengan kemampuan dia selain ahli sebagai seorang mufassir, juga ahli dalam bidang fisika dan biologi. Hal ini dapat terlihat dalam contoh ketika dia menafsirkan penciptaan manusia dari ʹalaq (علق) beliau murni menggunakan kemampuan dia sebagai seorang yang ahli biologi di samping sebagai seorang mufasir, tanpa menyebutkan suatu riwayat yang berhubungan dengan ʹalaq (علق). Ini berbeda dengan penafsiran dengan bentuk bi al‐Maʹtsur. Tafsir yang menggunakan bentuk bi al‐maʹtsur sangat tergantung dengan riwayat. Tafsir ini akan tetap eksis selama masih ada riwayat. Kebalikannya jika riwayat habis, tafsir bi al‐maʹtsur juga akan hilang.
Metode dan Corak Tafsir Al-Jawahir
Thanthawi dengan analisisnya sebagai seorang mufasir sekaligus seorang yang menguasai ilmu‐ilmu alam memberikan penafsiran secara runtut dan terperinci dengan ruang lingkup yang amat luas. Dalam menafsirkan, Syaikh Thanthawi mulanya menyebutkan nama surat, mengklasifikasikan Makki‐Madani, menyebutkan ringkas pembahasan surat (mulakhkhash), mengelompokkan pembahasan ayat ke dalam beberapa kelompok (āqsam), menyebutkan tujuan umum surat (al‐maqshad) tiap qism, menyebutkan munasabah dengan surat sebelumnya, kemudian memaparkan al‐Maqshad al‐Awwal yang dibagi menjadi beberapa fashl yang mengandung beberapa lathā’if (penjelasan pembahasan perspektif ilmu modern) diselingi terlebih dahulu dengan tafsir perkata (tafsir lafzhi) dan terkadang diselipkan tadzkirah, hidayah, dan tanya jawab. Dengan demikian metode yang digunakan oleh Thantawi adalah metode tahlili, karena terlihat dari caranya menafsirkan begitu detail dan sangat terperinci dengan menerangkan segala aspeknya.
Sedangkan corak tafsir Al-Jawahir ini ialah tafsir bil ʹilmi. Meskipun para ulama berbeda pendapat tentang tafsir bil ʹilmi, ada yang menolaknya dengan alasan bahwa teori‐teori ilmiah jelas bersifat nisbi (relatif) dan tidak pernah final. Tetap ada yang mendukungnya dengan alasan bahwa Al‐Qurʹan justru menggalakkan penafsiran ilmiah. Tetapi jika kita lihat dalam contoh, jika kita bandingkan dengan tasir lainnya, ketika ketiga tafsir sama‐sama berbicara tentang ʹalaq (علق) terlihat dengan jelas bahwa tafsir Jawahir ini memang menggunakan corak tafsir ʹilmi.
Contoh Penafsiran
Sebagai contoh ketika ketiga tafsir Al-Jawahir berbicara tentang ʹalaq (علق), Kedua tafsir (al‐Maraghi dan al‐Wadhih) seperti tafsir‐tafsir lainnya mengartikan makna ʹalaq (علق) sebagai darah yang membeku atau sepotong darah yang beku (دم جامد/قطعة دم جامدة) yang tidak mempunyai panca indra, tidak bergerak dan tidak mempunyai rambut. Berbeda halnya ketika Thanthawi menafsirkan tentang ʹalaq (علق) dia memulai dengan perbandingan antara telur yang ada pada binatang aves (sejenis burung) dengan sel telur yang ada pada manusia. Menurutnya apa yang terjadi pada binatang tersebut sama dengan apa yang ada pada manusia. Telur pada hewan jenis burung mempunyai apa yang dinamakan putih dan kuning telur. Dan apa yang dinamakan jurtsumah (جرثومة), di mana jurtsumah ini yang menjadi dasar pembentukan manusia.
Dari contoh tersebut dapat disimpulkan bahwa ketika Thanthawi menafsirkan kata tersebut dia menggunakan ilmu biologi, berbeda jauh dengan yang dipakai oleh Maraghi maupun Hijazi. Hal ini membuktikan bahwa memang corak yang dipakai oleh Thanthawi adalah corak bil ʹilmi, menafsirkan ayat‐ayat Al‐Qur’an berdasarkan pendekatan ilmiah, atau menggali kandungannya berdasarkan teori‐teori ilmu pengetahuan yang ada. Namun yang perlu diingat adalah tidak ada ayat Al‐Qurʹan yang bersifat ilmiah, karena Al‐Qur’an adalah wahyu dan kebenarannya bersifat mutlak. Sedangkan ilmu pengetahuan yang bersifat ilmiah kebenarannya bersifat relatif. Al‐Qurʹan bukanlah kitab ilmu melainkan kitab hudan bagi manusia. Tetapi petunjuk Al‐Qurʹan ada yang berbentuk lafdzi, isyarat, qiasi dan yang tersurat berkenaan dengan ilmu pengetahuan guna mendukung fungsinya sebagai hudan.